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As melhores dicas estão aqui.

Comparar, sortear e apagar linhas duplicadas no Notepad++

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Organizar Linhas :

Desda versão 6.5.2 o app tem uma funcionalidade nativa para sortear  linhas

Basta ir em Editar > Operações com Linhas > Organizar linhas em forma crescente.

Existem também outras opções de sortear no mesmo menu.!
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Remover Duplicatas :

Para remover linhas duplicadas  basta apertar Ctrl+ F, selecionar a aba "Substituir" e no campo "Localizar"  colocar  : ^(.*?)$\s+?^(?=.*^\1$).  Em modo de busca marcar  "Expressão  regular" e clicar em substituir todos.
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Comparar Arquivos:
Primeiramente arraste um das abas que deseja ser comparada  para o lado solte   e escolha mover para outra tela.
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Apos isso vá na aba Plugins --> Plugin Manager --> Procure pelo Compare e selecione ele para baixar.

Apos isso, na aba Plugins haverá um novo item chamado Compare, basta clicar em Compare ou Alt + D para o plugin funcionar.
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