Estas pastas contém arquivos de erros, são e-mails que retornam aos dominios quando não são encontrado os hosts para serem entregues.

Solução:

Vá até o seu WHM e:

WHM -> Tweak Settings -> (Default catch-all/default address behavior for new accounts. "fail" is usually the best choice if you are getting mail attacks.)
Marque a opção "fail".

Só irá funcionar para novas contas criadas. Para modificar esta opção de contas já criadas, execute o comando na shell de seu servidor:
# replace :blackhole: :fail: -- /etc/valiases/*

Para limpar o conteúdo destas pastas, execute:
# find /home/*/mail/new -name '*' -exec rm {} \;