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As melhores dicas estão aqui.

Localizando Malwares Comuns no Linux- Cpanel

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Em um servidor com o cpanel istalado é existe diversos scripts para a localização de virus um deles é o

# /scripts/findhacks

Este comando irá procurar pelos malwares mais comuns em servidores Linux.

Caso deseje uma busca mais complexa use:

# /scripts/findtrojans

Outra dica é a instalação do ClamAV ou RKhunter para veririficação de seu sistema.

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